정기 세무조사, 우리 회사도 대상일까?

정기 세무조사는 '혐의'가 아니라 '검증 순서'가 돌아온 것입니다. 어떤 회사가 대상이 되고, 어떻게 빠질 수 있는지 대표이사·재무담당자가 알아야 할 핵심만 정리했습니다.

2026. 2. 24.

"세무조사 통지서가 왔어요" 그 전화, 당황스러우셨죠?

커넥트세무회계에 상담 오시는 대표님들이 가장 많이 하시는 말씀이 있습니다.

"세금 신고 성실하게 해왔는데, 왜 우리한테 세무조사가 나오는 건가요?"

당연한 의문입니다. 하지만 답을 알고 나면 오히려 마음이 편해지실 거예요.

정기 세무조사는 '잘못'이 있어서 나오는 게 아닙니다. 국세기본법에 따라 납세자의 성실신고 여부를 정기적으로 검증하는 절차예요. 쉽게 말하면, 검증 순서가 돌아온 것뿐입니다.

그런데 이 차이를 모르면 불필요한 공포에 에너지를 쏟게 됩니다. 반대로 기준을 알면 미리 대비할 수 있고, 경영에 집중할 수 있어요.

실제로 세무조사 강도는 높아지고 있습니다. 국회 국정감사 자료에 따르면, 법인 정기 세무조사는 2023년 2,949건에서 2024년 3,113건으로 2년 연속 증가했어요. 비정기(특별) 세무조사도 5년간 29.4% 급증했고요.

"우리 규모면 안 걸리겠지"라는 낙관은 점점 통하지 않고 있습니다.

정기 세무조사의 핵심 특징은 무엇인가요?

복잡한 설명은 빼고, 세 줄로 정리해 드릴게요.

① 혐의가 있어서 나오는 게 아닙니다

비정기조사는 탈루 혐의가 있을 때 나오지만, 정기조사는 성실신고 검증 순서가 돌아온 것입니다. 통지서를 받았다고 당황하실 필요 없어요.

② 15일 전에 미리 알려줍니다

정기 세무조사는 조사 개시 15일 전에 사전통지가 옵니다. 비정기조사처럼 예고 없이 나오는 게 아니에요.

③ 조사 시기를 내가 선택할 수 있습니다

2026년부터 '세무조사 시기선택제'가 전면 시행됩니다. 3개월 범위 안에서 원하는 시기를 월 단위로 고를 수 있어요. 결산 시즌이나 성수기를 피할 수 있습니다.

한 줄 요약: 정기조사 통지서를 받으셨다면, "왜 우리한테?"가 아니라 "어떻게 대비하지?"로 생각을 바꾸시면 됩니다.

어떤 회사가 정기 세무조사 대상이 되나요?

어려운 분류명은 잊으셔도 됩니다. 핵심은 딱 세 가지 상황이에요.

① 오랫동안 세무조사를 안 받았으면

중소기업 대표님들이 가장 놓치기 쉬운 부분입니다. 마지막 조사가 4~5년 이상 지났다면, 신고를 아무리 잘했어도 '장기 미조사'라는 이유만으로 대상이 돼요.

"그동안 안 걸렸으니 괜찮겠지"가 아니라, "오래 안 받았으니 이번엔 우리 차례일 수 있다"고 생각하는 게 맞습니다.

② 신고 데이터에 이상 패턴이 잡히면

국세청은 법인세·부가가치세·원천세 신고 데이터를 전산으로 분석합니다. 여기서 이상 패턴이 감지되면 조사 대상으로 올라가요.

쉽게 말하면, 국세청은 "번 돈보다 쓴 돈이 많으면" 의심합니다. 부동산 거래, 금융 거래, 카드 사용 내역까지 자동으로 연동되어 분석돼요.

2024년부터는 AI·빅데이터 분석까지 도입되었습니다. 특정 항목 하나가 아니라, 전체 신고 패턴이 자연스러운지를 AI가 판단해요. 특정 계정과목만 관리하는 것으로는 부족하고, 전체 흐름의 일관성이 중요합니다.

③ 매출 규모가 일정 기준을 넘으면

연간 수입금액이 일정 기준 이상이면 5년 주기로 돌아가며 조사합니다. 법인은 2,000억 원, 개인사업자는 500억 원이 기본 기준이에요.

다만, 상호출자제한기업집단에 소속되어 있거나 자산이 2천억 원 이상이면 500억 원 기준으로 낮아집니다. 그룹사 소속 법인이라면 반드시 확인하세요.

💡 좋은 소식: 2026년부터 국세청이 세무조사 시 중점적으로 보는 항목을 미리 공개합니다. 이미 공개된 항목에는 법인 신용카드 사적 사용, 대표자 개인계좌를 통한 매출 누락 등이 포함되어 있어요. 뭘 보는지 알려주는 셈이니, 이 항목부터 먼저 점검하시면 됩니다.

<국세청 세무조사 사례>

정기 세무조사 대상에서 제외될 수 있나요?

중소기업이면서 국세체납이 없고 관련 법령을 준수하고 있다면, 아래 조건에 해당될 경우 정기 세무조사 대상에서 제외될 수 있습니다.

가장 많이 활용되는 3가지

❶ 일자리창출기업

전년 대비 상시 근로자 수를 일정 기준 이상 늘리면 정기조사 선정 제외 + 최대 2년 조사유예까지 가능해요.

→ 매년 11월 홈택스에서 '일자리창출계획서' 제출 (기한 놓치면 혜택 소멸)

❷ 스타트업기업

벤처기업 확인을 받은 중소기업 중 설립 10년 미만이면 해당돼요. (2026년 기존 5년에서 10년으로 확대)

→ 벤처기업 확인서 유효기간 만료 전 갱신 여부 점검

❸ 수출 중소기업

수출액 비중 50% 이상이거나, 수출의 탑·무역인상 수상 기업 등이 해당됩니다.

→ 한국무역협회/관세청에서 증빙 확보

이 외에도 해당될 수 있어요

❹ 투자확대기업 — 전년 대비 투자금액 증가 계획 제출 + 이행, 매년 11월 홈택스

❺ 혁신중소기업 — 중소벤처기업부 기술혁신형/경영혁신형 선정

❻ 사회적기업 / 장애인표준사업장 — 고용노동부 인증

✅ 핵심 기한: 일자리창출·투자확대 계획서는 매년 11월이 마감이에요. 이 기한을 놓치면 그 해 제외 혜택은 받을 수 없습니다. 캘린더에 등록해 두세요.

📋 커넥트세무회계의 '제외 유형 해당 여부 검토'

우리 회사의 매출 규모·업종·인증 현황을 종합적으로 검토해서, 활용 가능한 제외 혜택을 빠짐없이 안내해 드립니다.

<커넥트 자문사 실제 세무조사 통지서>

세무조사 통지서를 받았다면 어떻게 해야 하나요?

정기 세무조사가 시작되더라도 납세자에게는 명확한 권리가 있어요. 혼자 대응하실 필요 없습니다.

① 조사 시기를 선택할 수 있어요

3개월 범위 안에서 원하는 달을 고를 수 있습니다. 결산 시즌이나 성수기를 피하세요.

② 전문가가 같이 들어갈 수 있어요

세무사·변호사가 조사에 입회해서 의견을 진술할 수 있습니다.

③ 부당한 조사에는 조사팀 교체를 요청할 수 있어요

위법·부당 행위가 있으면, 납세자보호담당관에게 요청하세요. 납세자보호위원회 의결을 거쳐 조치가 이루어집니다.

④ 결과에 불복할 수 있어요

과세전적부심사, 조세심판, 행정소송 등 정식 절차를 활용할 수 있습니다.

세무조사는 양방향 과정입니다. 이 권리들이 있다는 것을 아는 것만으로도 현장에서의 대응이 달라져요.

지금 당장 확인할 5가지, 정기 세무조사 대비 체크리스트

여기까지 읽으셨다면, 이제 우리 회사 상황에 대입해 볼 차례예요. 아래 5가지만 점검하면 정기 세무조사 대비는 충분합니다.

✔	점검 항목	해당되면 이렇게 하세요
☐	마지막 세무조사가 4~5년 이상 지났나?	"다음은 우리 차례"로 인식하고 신고 데이터 사전 점검
☐	법인카드 사적 사용, 대표자 개인계좌 매출 처리가 없나?	국세청 중점점검항목에 해당 → 즉시 정리
☐	번 돈 대비 재산 증가·지출에 설명 안 되는 부분이 없나?	자금 흐름 소명 자료를 미리 정리해 두기
☐	적격 증빙(세금계산서, 현금영수증, 카드전표) 발행을 잘 하고 있나?	미발행 거래가 있다면 개선 방안 마련
☐	제외 유형(일자리창출, 스타트업, 수출기업 등)에 해당하나?	매년 11월 홈택스 제출 기한 캘린더에 등록