법인세 세무조정, 대표 개인 세금까지 늘어나는 항목은 따로 있습니다

3월에 법인세를 신고하신 대표님이라면 결산서에 찍힌 이익과 실제로 낸 세금이 맞지 않는 경험을 하셨을 겁니다. 장부상 이익으로 계산해 본 금액보다 세금이 많이 나옵니다. 그 차이를 만든 것이 세무조정입니다.

여기까지는 설명을 들으신 분이 많습니다. 잘 알려지지 않은 것은 그다음입니다. 세무조정에서 비용으로 인정받지 못한 금액 중 일부는 회사 세금에서 끝나지 않고 대표님 개인 소득세로 넘어갑니다. 법인세를 냈는데 그해 대표님 근로소득까지 늘어나 있는 이유가 여기에 있습니다.

어떤 항목이 회사에서 끝나고 어떤 항목이 대표님 개인까지 가는지, 그 구분 기준과 결산 전에 확인할 4가지를 짚어드리겠습니다. 결산이 끝난 뒤에는 손댈 수 없는 항목이 대부분이라 지금 확인하시는 편이 선택지가 넓습니다. 직전 신고서와 지금 장부의 가지급금 잔액을 꺼내 놓고 읽으시면 우리 회사가 어느 쪽인지 판단하기 쉬울 것입니다.

결산 이익은 그대로인데 법인세가 다르게 나오는 이유

세무조정은 회계장부의 이익을 세법 기준의 소득으로 바꾸는 절차입니다. 회계는 회사의 성과를 있는 그대로 보여주는 것이 목적이고, 세법은 세금을 매길 소득을 정하는 것이 목적입니다. 두 기준의 목적이 다르기 때문에 같은 지출을 놓고 회계는 비용으로 보고 세법은 비용으로 보지 않는 경우가 생깁니다.

이 차이를 맞추는 작업이 세무조정입니다. 결산서의 당기순이익에서 출발해 세법이 비용으로 인정하지 않는 금액을 더하고, 세법이 수익으로 보지 않는 금액을 뺍니다. 앞의 것을 손금불산입, 뒤의 것을 익금불산입이라고 부릅니다.

그래서 세무조정은 세금을 줄이는 작업이 아닙니다. 상담에서 "조정을 잘하면 세금이 줄어드는 것 아니냐"는 질문을 자주 받는데요. 조정은 1년 동안 회사가 쓴 돈을 세법 기준으로 다시 읽는 절차라, 이미 정해진 결과를 계산서에 옮겨 적는 쪽에 가깝습니다.

한 가지 먼저 짚고 갈 게 있습니다. 세무조정계산서는 신고서에 반드시 붙어야 하는 서류입니다. 재무제표와 세무조정계산서를 첨부하지 않으면 신고를 한 것으로 보지 않기 때문에, 기한 안에 신고서를 냈더라도 무신고로 처리됩니다.

비용으로 인정받지 못한 금액은 어떻게 되나요?

비용으로 인정받지 못한 금액은 그 돈이 회사 밖으로 나갔는지, 나갔다면 누구에게 갔는지 결정하게 됩니다. 이것을 소득처분이라고 합니다.

돈이 회사 안에 남아 있으면 유보로 처분합니다. 유보는 회사 장부의 금액과 세법상 금액의 차이를 기록해 두는 것이라, 대표님 개인에게는 아무 일도 생기지 않습니다.

돈이 회사 밖으로 나갔고 그것이 임원이나 직원에게 갔다면 상여로 처분합니다. 상여로 처분된 금액은 그 사람이 급여를 더 받은 것과 같게 봅니다. 그래서 회사의 법인세가 늘어나는 동시에 그 임원의 근로소득이 늘어나고, 개인 소득세가 함께 붙습니다.

여기서 대표님이 가장 많이 놓치는 지점이 하나 있습니다. 회사 밖으로 나간 것은 분명한데 누구에게 갔는지 확인되지 않으면, 세법은 그 돈이 대표자에게 간 것으로 봅니다. 상담을 하다 보면 "나는 그 돈을 쓴 적이 없다"며 대표님들이 당황하시는 부분이 바로 여기이죠.

대표 개인 세금 늘리는 항목 3가지

가장 자주 걸리는 것이 가지급금입니다. 회사 돈을 대표가 빌려 쓴 것(가지급금)이 있으면 세법은 회사가 이자를 받았어야 한다고 보고 그 이자를 수익으로 잡습니다. 이 이자를 인정이자라고 하고, 이자율은 당좌대출이자율 연 4.6%를 쓰는 경우가 많습니다.

계산 해보면 이렇습니다. 가지급금이 1억 원이면 인정이자는 460만 원입니다. 이 460만 원이 회사 수익에 더해지고, 동시에 대표님에게 간 것으로 보아 상여로 처분될 수 있습니다.

회사 쪽은 과세표준 2억 원 초과 200억 원 이하 구간에 2026년 사업연도 세율 20%를 적용하면 92만 원, 지방소득세까지 더하면 101만 원입니다. 대표님 개인 쪽은 다른 소득을 합친 종합소득 과세표준이 8,800만 원을 넘는 구간이라는 전제에서 지방소득세를 포함해 38.5%가 붙어 177만 원가량이 됩니다. 회사와 개인을 합치면 278만 원이고, 이것이 가지급금 1억 원에 1년 동안 붙는 금액입니다.

가지급금은 한 해로 끝나지 않는 것이 문제입니다. 갚기 전까지 매년 같은 조정이 반복되고, 그때마다 두 곳에서 세금이 나옵니다. 결산을 앞두고 가지급금을 점검하는 순서는 따로 정리해 두었습니다.

차량 역시 마찬가지입니다. 법인 명의 차량이라도 업무에 쓴 부분만 비용으로 인정되고, 업무용으로 보기 어려운 부분은 손금불산입한 뒤 소득처분 대상이 됩니다. 운행기록부를 쓰지 않으면 연간 관련 비용 1,500만 원까지만 업무 사용으로 보기 때문에, 차량 유지비가 그보다 큰 회사는 초과분이 그대로 조정 대상이 됩니다.

마지막은 귀속이 확인되지 않는 지출입니다. 증빙 없이 나간 돈, 거래처가 확인되지 않는 송금, 사업과의 연결이 설명되지 않는 카드 사용액이 여기에 들어갑니다. 금액이 크지 않아도 건수가 쌓이면 대표자 상여로 잡히는 금액이 커집니다.

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회사 세금만 늘어나는 항목은 신경 쓰지 않아도 될까요?

그렇지는 않습니다. 다만 성격이 다르므로 대응 순서가 달라집니다.

기업업무추진비(과거에 접대비라고 부르던 항목) 한도초과액이 대표적입니다. 한도를 넘긴 금액은 비용으로 인정되지 않지만 기타사외유출로 처분되기 때문에 대표님 개인 소득세로 넘어가지 않습니다. 한도는 기본금액에 매출액 기준 금액을 더해 계산하고, 중소기업은 기본금액이 연 3,600만 원입니다.

감가상각비 한도초과액 역시 마찬가지입니다. 업무용승용차 감가상각비는 연 800만 원까지 비용으로 인정되고, 초과분은 다음 사업연도 이후에 800만 원에 미달하는 범위에서 다시 비용으로 들어갑니다. 사라지는 것이 아니라 뒤로 밀리는 것이라, 총액보다 시점의 문제입니다.

이 구분을 아셔야 하는 이유는 순서 때문입니다. 뒤로 밀리는 항목보다 대표님 개인 소득세까지 붙는 항목을 먼저 정리하는 편이 같은 노력으로 줄이는 금액이 큽니다.

세무조정으로 바꿀 수 있는 건 어디까지인가요?

조정 항목은 결산에 반영해야만 인정되는 것과 신고서에서 처리할 수 있는 것으로 구분됩니다. 앞의 것을 결산조정사항, 뒤의 것을 신고조정사항이라고 합니다. 감가상각비나 대손금처럼 장부에 비용으로 적어야만 인정되는 항목은 결산이 끝난 뒤에 신고서에서 새로 넣을 수 없습니다.

다만 증빙이 없는 지출은 3월에 증빙을 만들 수 없고, 장부에 적히지 않은 감가상각비는 신고서에서 채울 수 없습니다. 조정 단계에서 세금이 늘어나는 것이 아니라, 이미 늘어나 있던 것이 그때 드러나는 것입니다.

바꿀 수 있는 시점은 사업연도 안입니다. 결산 전에 확인하실 건 4가지인데요. 가지급금 잔액과 상환 계획, 차량별 운행기록과 업무전용자동차보험 가입 여부, 증빙 없이 나간 지출의 정리, 임원 보수와 상여를 정관이나 주주총회 결의에서 정한 범위 안에서 지급했는지입니다.

솔직히 말씀드리면 이 4가지를 다 맞춰도 세금이 크게 줄지는 않을 가능성이 높습니다. 조정으로 줄이는 것이 아니라 조정에서 늘어날 금액을 미리 없애는 작업이기 때문입니다. 대신 3월에 예상하지 못한 금액을 통보받는 일은 줄일 수 있습니다.

커넥트 세무회계는 서울시 마포구에 있는 세무사사무소로, 123개 업종의 세무·회계를 관리하고 있습니다. 담당자에서 팀장, 세무사로 이어지는 3단 검수를 거치기 때문에 담당자가 바뀌어도 같은 기준으로 검토가 이뤄집니다. 법인 결산은 조정 항목이 대표님 개인 세금까지 이어지는 구간이라, 결산 전에 이 4가지를 한 번 맞춰보는 순서를 두고 있습니다.

📌 핵심 요약

What: 법인세 세무조정에서 비용으로 인정받지 못한 금액은 소득처분 단계를 한 번 더 거치고, 그 결과에 따라 회사 세금에서 끝나기도 하고 대표 개인 소득세까지 이어지기도 합니다.

Why: 회사 밖으로 나간 돈이 임원에게 귀속되면 상여로 처분되어 근로소득이 늘어나고, 귀속이 확인되지 않으면 대표자에게 간 것으로 보기 때문입니다.

How: ① 가지급금 잔액과 상환 계획을 확인한다 ② 차량별 운행기록과 업무전용자동차보험 가입 여부를 확인한다 ③ 증빙 없이 나간 지출을 결산 전에 정리한다 ④ 임원 보수와 상여가 정관이나 주주총회 결의 범위 안인지 확인한다

💬 전문가 한마디: "조정에서 세금이 늘어나는 것이 아니라, 1년 동안 이미 늘어나 있던 것이 3월에 드러나는 것입니다."

지금이 사업연도 중간이라면 아직 손댈 수 있는 항목이 남아 있습니다. 우리 회사 조정 항목 중 대표님 개인 소득세까지 이어지는 것이 무엇인지, 그중 올해 안에 정리할 수 있는 것이 무엇인지 함께 봐 드립니다.

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자주 묻는 질문 (FAQ)

Q. 세무조정을 잘하면 법인세가 줄어드나요?
조정은 이미 일어난 거래를 세법 기준으로 다시 읽는 절차라 그 단계에서 금액을 바꾸기는 어렵습니다. 줄일 수 있는 시점은 사업연도 안이고, 결산 전에 가지급금과 차량, 증빙을 정리하는 것이 실제로 효과가 있는 구간입니다. 커넥트 세무회계는 결산 전에 이 항목들을 먼저 맞춰보는 순서로 진행합니다.

Q. 법인세를 냈는데 왜 제 개인 소득세까지 늘어나나요?
비용으로 인정되지 않은 금액이 회사 밖으로 나갔고 그것이 대표님에게 귀속된 것으로 보이면 상여로 처분되기 때문입니다. 회사에는 법인세가, 대표님에게는 근로소득세가 각각 붙습니다. 어떤 항목이 여기에 해당하는지는 커넥트 세무회계에 직전 신고서를 보여주시면 확인해 드립니다.

Q. 세무조정은 꼭 세무사에게 맡겨야 하나요?
직접 작성하는 자기조정이 가능한 법인도 있고, 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부해야 하는 외부조정 대상 법인도 있습니다. 직전 사업연도 수입금액이 일정 규모를 넘거나 외부감사 대상이면 외부조정 대상이 되므로, 우리 회사가 어디에 해당하는지는 커넥트 세무회계에 문의해 주시면 확인해 드립니다.

Q. 가지급금은 어떻게 없애나요?
대표님이 상환하는 것이 원칙이고, 급여나 배당, 퇴직금 지급 같은 방법을 함께 쓰는 경우도 있습니다. 다만 방법마다 대표님 개인 소득세가 다르게 붙어서 금액과 시기를 같이 계산해야 합니다. 커넥트 세무회계는 상환 방법별로 개인 세금까지 계산해 비교해 드립니다.

📎이 글의 근거 법령

• 세무조정은 결산서상 당기순이익에서 익금과 손금을 조정해 각 사업연도 소득금액을 계산하는 절차입니다 → 법인세법 제14조, 제15조, 제19조

• 법인세 신고서에는 재무제표와 세무조정계산서를 첨부해야 하고, 첨부하지 않으면 신고로 보지 않습니다 → 법인세법 제60조

• 익금산입·손금불산입한 금액은 귀속자에 따라 상여, 배당, 기타사외유출, 유보로 처분합니다 → 법인세법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조

• 특수관계인에게 무상 또는 낮은 이자로 빌려준 금액에는 이자를 받은 것으로 보아 익금에 산입합니다 → 법인세법 제52조

• 업무용승용차 관련비용 중 업무 사용에 해당하지 않는 금액은 손금에 산입하지 않습니다 → 법인세법 제27조의2

• 기업업무추진비는 한도를 넘는 금액을 손금에 산입하지 않습니다 → 법인세법 제25조

• 세무사가 작성한 조정계산서를 첨부해야 하는 법인의 범위 → 법인세법 시행령 제97조의2

※ 이 글은 2026년 8월 기준 세법과 상담 사례를 바탕으로 작성했습니다. 제도가 바뀌면 결과가 달라질 수 있습니다.

P.S. 조정 항목은 결산 전에 볼수록 정리할 방법이 많습니다.

임지원 대표 세무사 | 커넥트 세무회계 / 다양한 업종의 세무·회계 자문을 진행하고 있습니다. 법인전환·양도상속증여·법인컨설팅 영역에서 고객님들의 의사결정을 돕습니다.

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