비상장주식 양도소득세, 법인 대표가 지분 정리 전에 확인할 4가지

비상장법인 지분을 가족에게 넘기거나, 자사주로 소각하거나, 외부에 매각하려는 대표님이라면 세금 구조를 먼저 보셔야 합니다. 매도 후에 신고하는 것보다, 매도 전에 설계하는 것이 결과를 바꿉니다.

비상장주식 양도소득세는 구조만 이해하면 충분히 대비할 수 있습니다. 상장주식과 달리 비상장주식은 전원 과세 대상이지만, 세율은 대주주 여부와 중소기업 여부에 따라 10~25%까지 차이가 납니다(지방소득세 별도).

이 글에서는 2026년 기준 세율, 신고 방법, 그리고 비상장주식 양도세 점검이 필요한 4가지 사례를 정리했습니다.

비상장주식 양도소득세, 누가 내는 건가요?

비상장법인 주식은 상장주식과 달리, 대주주가 아니어도 양도소득세 과세 대상입니다. 소득세법 제94조 제1항 제3호에 따라, 비상장주식을 양도하면 누구든 신고 의무가 발생합니다.

다만, 전원 과세 대상이라는 것이지 세율까지 같다는 뜻은 아닙니다. 세율은 "내가 대주주인지"와 "우리 법인이 중소기업인지" 두 가지로 달라집니다. 세율표를 보기 전에, 먼저 각각을 확인하는 방법을 정리합니다.

예외는 한 가지입니다. 비상장 소액주주가 K-OTC(한국금융투자협회 장외시장)를 통해 중소·중견기업 주식을 양도하는 경우에만 비과세입니다.

나는 대주주일까요?

비상장법인 대주주는 아래 두 요건 중 하나만 충족해도 해당합니다(소득세법 시행령 제167조의8).

• 지분율 요건: 발행주식 총수의 4% 이상 보유

• 시가총액 요건: 보유 주식의 평가액 합계 50억 원 이상

본인 지분뿐 아니라 특수관계인(배우자·직계존비속 등)의 지분도 합산해 판단합니다. 예를 들어 본인 3%에 배우자 2%라면 합산 5%로 대주주에 해당합니다.

법인을 직접 설립하고 운영하는 대표라면 대부분 4% 지분 요건을 넘기기 때문에 대주주에 해당합니다. 커넥트 세무회계의 고객사도 대표님 본인이 대주주인 경우가 대부분입니다. 공동 창업이나 소수 지분 참여로 지분이 4% 미만이라면 별도 확인이 필요합니다.

우리 법인은 중소기업일까요?

중소기업 해당 여부는 조세특례제한법 제2조에 따라 매출액·자산 규모·업종·독립성 요건으로 판단합니다. 업종별 매출액 기준(제조업 연 1,500억 원, 서비스업 연 1,000억 원 이내 등)을 충족하고 자산총액이 5천억 원 미만이면 중소기업에 해당하며, 국내 법인 대부분이 이 범위 안에 들어갑니다.

세율은 얼마인가요?

두 가지를 확인했으면 아래 표에서 바로 찾을 수 있습니다(지방소득세 별도).

대주주는 중소기업 여부와 관계없이 20%(3억 초과분 25%)로 동일합니다. 차이가 나는 건 "그 외 주주" 구간입니다. 중소기업 주식을 보유한 그 외 주주는 10%, 중소기업 외 법인의 그 외 주주는 20%입니다.

중소기업 외 법인의 대주주가 1년 미만 보유한 주식을 양도하면 30%가 적용됩니다.

실제 납부할 때는 위 세율에 지방소득세 10%가 추가됩니다. 예를 들어 대주주 20%는 지방세 2%를 더해 실효세율 22%가 됩니다.

커넥트 세무회계 상담 현장에서 대표님들이 자주 혼동하시는 부분이 있습니다. "나는 대주주가 아니니까 괜찮겠지"라는 생각입니다. 상장주식에만 해당하는 이야기입니다. 비상장주식은 지분이 아무리 작아도, 양도차익이 발생하면 신고해야 합니다.

세금은 어떻게 계산하나요?

양도소득세 계산 공식은 단순합니다.

양도소득 과세표준 = 양도가액 − 취득가액 − 필요경비 − 기본공제(연 250만 원) 양도소득세 = 과세표준 × 세율

기본공제 250만 원은 국내·국외 주식을 합산해 연 1회 적용됩니다.

그런데, 내 주식 1주당 얼마일까요?

세율을 알아도 "양도가액"이 확정되지 않으면 세금은 계산되지 않습니다. 상장주식은 시세가 바로 나오지만, 비상장주식은 시장 가격이 없습니다. 세법이 정한 방식으로 주식 가치를 평가해야 양도가액이 확정됩니다.

비상장주식 평가는 회사의 자산 가치와 최근 이익을 반영해 1주당 가격을 산출하는 방식입니다. 중요한 건 평가 방식 자체보다 "언제 평가하느냐"입니다.

평가는 실적이 급등한 해일수록 평가 시점을 언제로 잡느냐에 따라 양도가액이 크게 달라집니다. 이 시점 차이 하나로 세금 총액이 수천만 원에서 수억 원까지 바뀌는 경우가 많습니다.

커넥트 세무회계 상담에서 대표님들이 가장 많이 물어보시는 질문이 있습니다. "제 주식 1주당 얼마예요?" 평가 없이 양도·증여를 먼저 실행하면, 사후에 세무서에서 시가를 다시 산정해 세금을 추징하는 경우가 생깁니다. 지분 정리는 평가부터 시작해야 합니다.

비상장주식 양도세 점검이 필요한 4가지 사례

실제 상담에서 "비상장주식 양도세를 확인해야 하나요?"라는 질문이 나오는 상황은 대체로 아래 4가지입니다. 각 사례마다 세금 흐름이 다르고, 어떤 경우는 양도소득세가 아닌 다른 세목으로 과세됩니다.

사례 1. 제3자 또는 가족에게 직접 양도하는 경우

가장 일반적인 상황입니다. 대표 본인이 지분을 매각하거나 가족에게 양도하는 경우, 양도가액에서 취득가액을 뺀 차익에 세율을 곱해 계산합니다.

대주주라면 중소기업 여부와 관계없이 20%(과표 3억 초과분 25%)입니다. 그 외 주주라면 중소기업 주식은 10%, 중소기업 외 주식은 20%입니다. 앞에서 확인한 대주주 여부와 중소기업 여부를 그대로 세율표에 대입하시면 됩니다.

커넥트 세무회계 상담 사례를 재구성했습니다.

연매출 50억 이상, 부부가 공동 운영하는 온라인 플랫폼 법인의 사례입니다. 설립 3년 차에 이전에 주식 가치가 급등하면서 대표님의 지분 가치가 수십억 원대로 올라갔습니다.

혼란: "주식 가치가 계속 오르는데 부모님께서 가지고 계신 주식을 증여할 타이밍을 놓치고 있어요. 이대로 두면 상속세도 걱정입니다."

정리: 비상장주식 평가를 통해 주식가치를 평가하여 더 큰 상속세 부담을 줄이기 위해 부모님의 주식을 모두 정리했습니다.

사례 2. 외부 인수자에게 경영권을 매각하는 경우

M&A, 투자 유치, 지분 매각 등으로 제3자에게 지분을 넘기는 경우입니다. 실제 거래가액이 시가로 인정되지만, 거래가액이 주당 시가평가액과 크게 차이 나면 부당행위 계산부인(세법상 거래가액 부인) 대상이 될 수 있습니다.

특히 특수관계인(친인척, 지배 법인 등)에게 시가보다 저가로 양도하면, 시가와 거래가액의 차이에 대해 증여세가 추가로 부과됩니다. 거래 전에 반드시 주식 평가부터 선행해야 합니다.

사례 3. 자기주식 매입·소각으로 지분 구조를 정리하는 경우

법인이 주주의 주식을 매입해 소각하는 방식입니다. 이때 발생하는 소득은 양도소득세가 아니라 의제배당(배당소득세 15.4%)으로 과세됩니다. 단, 소각 시점의 시가가 취득가액을 초과해야 의제배당이 성립합니다.

일반적으로 쓰이는 방식은 아니고, 잉여금이 쌓인 법인에서 특정 조건이 맞을 때 검토하는 구조입니다. 자기주식 취득·소각 간 간격, 감자 결의 요건 등 상법상 절차도 함께 맞춰야 해서 세무사·법무 검토가 필수입니다.

관련 상세 구조는 배우자 증여 후 이익소각, 법인 잉여금 현금화 방법에서 별도로 정리했습니다.

사례 4. 주식을 출자·현물 이전하거나 사업 양수도로 전환하는 경우

법인 전환, 지주회사 설립, 사업 부문 매각 등으로 주식을 이전하는 경우입니다. 형식상 "양도"가 아니더라도 세법상 양도로 간주되는 사례가 많고, 과세이연 특례가 적용될 수 있는 경우도 있습니다.

법인 구조 개편을 검토 중이시라면, 실행 전에 양도세 과세 여부부터 확인하셔야 합니다.

우리 법인은 어느 사례에 해당할까요? 같은 "비상장주식 양도"라도 사례에 따라 세율·세목·신고 방식이 달라집니다. 커넥트 세무회계 무료 상담에서 우리 법인 상황에 맞는 점검을 받아보실 수 있습니다.

신고와 납부, 언제까지 어떻게 하나요?

비상장주식 양도소득세는 자진 신고 방식입니다. 국세청이 먼저 알려주지 않습니다.

예정신고 기한

양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 해야 합니다(소득세법 제105조).

• 상반기(1.1~6.30) 양도 → 8월 말까지

• 하반기(7.1~12.31) 양도 → 다음 해 2월 말까지

확정신고

양도일이 속하는 연도의 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 해야 합니다. 예정신고를 이미 완료한 경우에는 원칙적으로 확정신고 의무가 면제되지만, 같은 해에 여러 건을 양도해 누진세율 합산이 필요한 경우에는 확정신고를 별도로 해야 합니다.

기한을 놓치면 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 함께 부과됩니다. 비상장주식 양도는 건당 금액이 큰 경우가 많아, 가산세 부담도 함께 커집니다.

비상장주식 양도는 "매도 후 신고"가 아니라 "매도 전 설계"에서 결과가 결정됩니다. 매도하기 전에 보유 기간, 중소기업 여부, 평가 시점, 증여 한도 사용 이력부터 점검해야 합니다. 커넥트 세무회계는 비상장 지분 이전 구조 4가지를 함께 비교해 대표님이 직접 판단하실 수 있도록 시뮬레이션 자료를 제공합니다.

핵심 요약

핵심 요약

• What: 비상장주식 양도소득세는 대주주·소액주주 구분 없이 전원 과세되는 자진 신고 세금

• Why: 중소기업 주식은 10%, 중소기업 외는 20~30%(지방소득세 별도). 법인 규모·보유 기간·거래 방식에 따라 세목 자체가 달라질 수 있음

• How: 주식 평가 → 보유 기간·법인 규모·거래 상대 확인 → 양도세 점검이 필요한 사례인지 판단 (직접 양도·경영권 매각·자기주식 소각·법인 구조 개편)

• 전문가 한마디: 비상장주식 양도는 매도 후 신고가 아니라, 매도 전 평가 시점과 구조 설계에서 결과가 결정됩니다.

우리 법인 지분 구조, 어떻게 정리해야 할지 막막하시다면

4가지 구조 중 어떤 것이 우리 법인에 맞는지는 주주 구성, 잉여금 규모, 증여세 한도 사용 이력, 보유 기간에 따라 달라집니다. 커넥트 세무회계는 비상장 지분 이전 시뮬레이션을 무료로 제공합니다.

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자주 묻는 질문

Q1. 비상장주식을 팔면 세금이 얼마나 나오나요?

양도차익(파는 가격 − 산 가격 − 필요경비)에서 기본공제 250만 원을 뺀 금액에 세율을 곱합니다. 중소기업 주식이면 10%, 중소기업 외 주식이면 20~30%입니다(지방소득세 별도). 예를 들어 중소기업 주식을 1억 원 차익으로 양도하면 약 1,073만 원 정도의 세금이 나옵니다(지방세 포함). 커넥트 세무회계에서는 주식 평가부터 세액 시뮬레이션까지 무료 상담으로 확인해 드립니다.

Q2. 비상장주식 평가는 어떻게 하나요? 비용이 드나요?

비상장주식은 시장 가격이 없어서 세법이 정한 방식(보충적 평가 방법)으로 1주당 가치를 산출합니다. 회사의 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하는 방식이며, 직전 사업연도 결산 실적이 반영됩니다. 평가 자체는 세무사가 결산 자료를 기반으로 수행하며, 별도 수수료가 발생합니다. 커넥트 세무회계에서는 평가 범위와 비용을 상담 시 먼저 안내드립니다.

Q3. 소액주주인데도 비상장주식 양도세를 내야 하나요?

네, 내야 합니다. 상장주식은 대주주만 과세되지만 비상장주식은 지분 크기와 관계없이 양도차익이 발생하면 전원 신고 의무가 있습니다. 한 가지 예외가 있는데, K-OTC(한국금융투자협회 장외시장)를 통해 중소·중견기업 주식을 양도하는 소액주주는 비과세입니다. 커넥트 세무회계에서는 과세 여부 판단부터 신고 대행까지 함께 안내드립니다.

Q4. 신고 기한을 놓치면 어떻게 되나요?

예정신고 기한(상반기 양도분 8월 말, 하반기 양도분 다음 해 2월 말)을 넘기면 무신고 가산세와 납부지연 가산세가 함께 부과됩니다. 비상장주식은 건당 금액이 큰 경우가 많아 가산세 부담도 함께 커집니다. 기한 후 신고 제도를 활용하면 가산세 일부를 감면받을 수 있으니, 누락을 확인하신 즉시 커넥트 세무회계에 문의해 주시면 대응 방안을 함께 검토해 드립니다.