폐업 부가세 신고기한과 잔존재화, 종합소득세는 어떻게 되나요?

사업을 접기로 하고 폐업신고서를 내면 이제 정리가 끝났다고 생각하시죠. 남은 것을 다 정리하고 사업자등록증까지 반납했으니 할 일이 없어 보이거든요. 그런데 폐업신고는 사업자등록을 정리하는 절차일 뿐이라, 부가세 등 세금 신고는 그대로 남아 있습니다.

폐업 부가세 신고는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 해야 합니다. 여기에 팔지 못하고 남긴 재고와 시설물에도 부가세가 붙고요. 이걸 모르고 넘어가면 사업을 정리한 뒤에 고지서를 받게 되실 수 있습니다.

신고기한이 언제까지인지, 남은 재고와 시설물은 얼마로 계산하는지, 폐업한 해의 종합소득세는 어떻게 되는지 순서대로 짚어드리겠습니다. 폐업일을 기준으로 계산이 달라지는 항목이 많아서, 신고서를 내기 전에 확인하시면 미리 정리할 수 있는 부분도 보이실 겁니다.

신고기한은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일입니다

폐업신고를 하면 사업자등록이 말소되지만, 등록이 말소된 뒤에도 홈택스에서 폐업자로 세금 신고를 할 수 있습니다. 폐업신고와 부가세 신고는 별개의 절차라는 점을 꼭 기억하시길 바랍니다.

폐업하면 부가세 과세기간이 그날로 끝납니다. 원래 6개월 단위로 돌아가던 과세기간이 개시일부터 폐업일까지로 줄어들고, 그 구간의 실적을 따로 신고하는 구조인데요. 기한은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지입니다.

정기 신고 기간을 기다리시면 안 됩니다. 부가세는 보통 1월 25일과 7월 25일에 신고하니 그때 하면 된다고 생각하시는데, 폐업은 그 일정과 따로 움직입니다.

예를 들어 9월 20일에 폐업하셨다면 7월 1일부터 9월 20일까지의 매출과 매입을 10월 25일까지 신고하셔야 합니다. 다음 해 1월 25일을 기다리면 석 달을 넘기게 되죠. 일반적인 무신고라면 이때 무신고가산세가 납부세액의 20%, 납부지연가산세가 하루 0.022%씩 붙습니다.

팔지 못한 재고에도 부가세가 붙나요?

붙습니다. 폐업할 때 남아 있는 재화는 사업자였던 본인이 사업자가 아닌 본인에게 공급한 것으로 보아 부가세를 매기거든요. 세법에서 잔존재화라고 부르는 규정입니다.

왜 팔지도 않은 물건에 세금이 붙을까요? 그 재고를 들여올 때 낸 부가세를 이미 매입세액으로 돌려받으셨기 때문입니다. 그대로 폐업하면 공제는 받고 매출은 잡히지 않아, 부가세를 거치지 않은 물건이 그냥 개인 손에 남게 되죠. 그때 돌려받았던 매입세액을 정산하는 장치라고 보시면 됩니다.

그래서 기준은 매입 단계에 있습니다. 매입할 때 세액을 공제받은 재화가 대상이 되고, 공제를 못 받고 사들인 물건이라면 애초에 정산할 것이 없습니다. 다만 재고인지 시설물인지, 차량인지에 따라 과세 여부와 계산 방식이 달라지니 자산별로 나눠 보셔야 하고요. 부가세에서 매입세액이 공제되는 지출과 그렇지 않은 지출을 어떻게 구분하는지는 따로 정리해 두었으니 참고 부탁드립니다.

재고의 금액은 폐업 시점의 시가로 잡습니다. 부가세를 뺀 공급가액 기준으로 2,000만원어치 상품이 창고에 남았다면 그 10%인 200만원을 부가세로 신고하게 되는 셈이죠. 물건은 그대로 손에 있는데 현금은 나가는 구조라, 폐업을 앞두고 재고부터 정리하시는 이유가 여기 있습니다.

시설물과 차량은 얼마로 계산하나요?

시설물과 차량은 시가 대신 간주시가라는 계산식을 씁니다. 인테리어, 기계, 비품, 차량처럼 오래 쓰는 자산은 중고 시세를 확인하기 어려우니, 취득가액에서 쓴 기간만큼 덜어내는 방식으로 정하는 것이죠.

덜어내는 비율은 자산에 따라 다릅니다. 일반과세자 기준으로 한 과세기간이 6개월인데, 건물과 구축물은 한 과세기간마다 5%씩 줄고 기계와 비품, 차량 같은 나머지 감가상각자산은 25%씩 줄어듭니다. 경과한 과세기간 수를 세어 취득가액에 곱하면 그 금액이 과세표준이 되고요.

숫자로 한 번 계산해보겠습니다. 1년 전에 5,000만원(공급가액)을 들여 설치한 주방설비가 남아 있다면 경과 과세기간이 2개입니다. 25%씩 두 번이면 절반이 줄어드니 2,500만원이 과세표준이 되고, 부가세는 250만원이 됩니다.

반대로 2년이 지난 비품과 차량에는 부가세가 붙지 않습니다. 25%씩 네 과세기간이면 100%가 차감되어 남는 금액이 0원이 되거든요. 건물과 구축물은 20과세기간, 그러니까 10년이 지나야 같은 상태가 됩니다.

잔존재화로 잡힌 금액은 상대방에게 세금계산서를 발급하는 것이 아니라 신고서에서 직접 매출로 잡아 계산합니다. 거래 상대가 없는 셈이니까요. 그래서 부가세 신고서를 쓰실 때 이 칸을 비워 두면 그대로 누락이 됩니다.

폐업신고를 마치고 몇 달 뒤에 고지서를 받고서야 연락을 주시는 경우가 있습니다. 설비를 그대로 두고 문을 닫았는데 그게 매출로 잡혔다는 걸 그때 처음 아신 것이죠.

이런 경우라도 방법이 아주 없지는 않습니다. 남은 자산 목록과 취득 시점을 다시 맞춰 보면 경과 과세기간을 잘못 센 부분은 없는지, 매입세액을 공제받지 않은 자산이 섞여 있지는 않은지 확인할 수 있거든요. 다만 이런 정리는 폐업 전에 하는 편이 훨씬 수월합니다.

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폐업일 전에 정리하면 계산이 달라집니다

같은 설비라도 폐업일 전에 팔면 일반 매출이 됩니다. 특수관계인이 아닌 상대에게 정상 가격으로 넘겼다면 실제로 받은 대금이 과세표준이 되고 세금계산서를 발급하게 되죠. 폐업일까지 그대로 두면 앞에서 본 간주시가로 계산되고요.

폐업일 전에 파느냐 뒤에 남기느냐로 계산 방식이 달라집니다. 그런데 여기서 더 중요한 건 금액보다 현금입니다. 팔면 대금이 들어오니 그 안에서 부가세를 내지만, 남기면 물건은 손에 있고 세금만 나가거든요. 앞의 주방 설비를 3,000만원(공급가액)에 넘기면 부가세 300만원을 내더라도 3,000만원이 들어옵니다.

물론 늘 파는 쪽이 유리하지는 않습니다. 급하게 처분하느라 간주시가보다 훨씬 낮은 값에 넘기면 손실이 세금 절감분을 넘어설 수 있거든요. 게다가 시가보다 현저히 낮은 값에 넘기거나 특수관계인과 거래하면 실제 대금이 아니라 시가로 계산될 수 있습니다.

사업 자체를 넘기는 방법도 있습니다. 요건을 충족하는 사업의 포괄양도에 해당하면 재화의 공급으로 보지 않아 부가세가 붙지 않거든요. 다만 사업에 관한 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어야 해서 일부만 넘기는 거래는 인정되지 않으니 사전에 확인이 필요합니다. 세금계산서와 계산서가 각각 어떤 거래에서 나오는지는 따로 정리해 두었습니다.

폐업일을 언제로 적느냐도 결과를 바꿉니다. 실제로 사업을 그만둔 날이 기준이고 마지막 거래와 재고 처분이 끝난 시점과 맞아야 하는데, 이 날짜가 과세기간과 경과 과세기간 수를 함께 정하기 때문입니다.

폐업했는데 종합소득세도 내야 하나요?

내셔야 합니다. 부가세는 폐업일 기준으로 정리되지만, 소득세는 그해 1월 1일부터 폐업일까지 번 사업소득을 다음 해 5월에 신고하는 구조거든요. 기한은 5월 1일부터 31일까지입니다.

사업자등록이 말소돼도 종합소득세 신고 의무는 남습니다. 사업자등록은 부가세를 걷기 위한 등록이고, 소득세는 사람에게 붙는 세금이라 등록 여부와 따로 움직이죠. 성실신고확인서를 제출하는 경우라면 기한이 6월 30일까지로 늘어납니다.

한 가지 더 챙기실 것이 있습니다. 폐업한 뒤 다른 곳에 취업하셨거나 임대소득, 금융소득 같은 다른 소득이 생겼다면 폐업한 사업의 소득과 합산해서 신고하셔야 합니다. 사업을 접었으니 신고할 것이 없다고 보고 넘어가시면 무신고로 남게 되고요. 종합소득세를 직접 신고할지 세무사에게 맡길지 판단하는 기준은 따로 정리해 두었습니다.

법인은 절차가 다릅니다. 폐업신고를 해도 법인이 소멸하지 않아 해산과 청산 절차를 따로 밟아야 하고, 그 과정과 잔여재산에 따라 법인세 신고 의무가 어떻게 남는지 확인이 필요합니다.

📌 핵심 요약

What: 폐업 부가세 신고는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 해야 합니다. 폐업 당시 남아 있는 재고와 시설물 중 매입 단계에서 세액을 공제받은 것은 잔존재화로 보아 부가세가 붙고, 폐업한 해의 종합소득세는 다음 해 5월에 따로 신고합니다.

Why: 폐업신고는 사업자등록을 정리하는 절차일 뿐이라 신고 의무가 그대로 남습니다. 정기 신고 기간을 기다리면 기한을 넘기게 되고, 잔존재화 칸을 비워 두면 그대로 누락이 됩니다.

How: ① 폐업일을 정하기 전에 남은 재고와 자산 목록을 먼저 뽑습니다 ② 매입 단계에서 세액을 공제받은 것과 아닌 것을 나눕니다 ③ 시설물과 차량은 취득 시점을 확인해 경과 과세기간 수를 셉니다 ④ 처분가와 간주시가를 비교해 폐업 전에 팔지 남길지 정합니다 ⑤ 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일까지 부가세를, 다음 해 5월에 종합소득세를 신고합니다

💬 전문가 한마디: "폐업은 신고서를 내는 날이 아니라 재고 목록을 뽑는 날부터 시작됩니다."

폐업 후에 세금이 걱정이신 분들은 고지서를 기다리실 필요가 없습니다. 지금 책상에서 확인할 수 있는 숫자거든요. 
남은 재고와 설비, 비품을 목록으로 적고 그 옆에 산 날짜만 채워 보세요. 산 지 2년이 지난 비품과 차량은 여기서 지워지고, 남는 줄이 곧 계산 대상입니다.
그 목록에 최근 부가세 신고서만 더하면, 폐업 전에 정리하는 쪽과 남기는 쪽 중 어디가 나은지까지 볼 수 있습니다.

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자주 묻는 질문 (FAQ)

Q. 매출이 하나도 없었는데도 폐업 부가세 신고를 해야 하나요?
해야 합니다. 신고할 실적이 0원이어도 무실적 신고를 넣어야 기한을 지킨 것이 되고, 남은 재고나 비품이 있다면 매출이 없어도 잔존재화로 세금이 나올 수 있거든요. 커넥트 세무회계에서는 폐업 상담을 받으면 실적부터가 아니라 자산 목록부터 확인해 드립니다.

Q. 폐업일을 제가 원하는 날로 정해도 되나요?
실제로 사업을 그만둔 날이 기준이라 임의로 앞뒤로 옮기기는 어렵습니다. 다만 마지막 거래와 재고 처분을 언제 끝낼지는 정하실 수 있고, 그 시점이 과세기간과 경과 과세기간 수를 함께 바꿉니다. 커넥트 세무회계에서는 이 일정을 먼저 맞춘 뒤에 폐업일을 잡으시도록 안내드립니다.

Q. 폐업하고 나서 부가세 신고를 안 한 게 몇 년 전인데 지금이라도 할 수 있나요?
기한후신고로 넣으실 수 있습니다. 늦어진 만큼 가산세가 붙지만 법정 요건과 신고 시점에 따라 무신고가산세가 일부 감면될 수 있고, 그냥 두시면 세무서에서 조사해 결정하는 쪽으로 넘어갑니다. 커넥트 세무회계에서 얼마가 붙을지 먼저 계산해 보고 진행 여부를 정하시면 됩니다.

Q. 폐업하면 그해 사업용 신용카드나 세금계산서는 어떻게 정리하나요?
폐업일까지 공급받은 것은 그 신고에 반영하실 수 있지만, 폐업일 이후에 새로 공급받은 지출은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 카드사와 통신사 같은 자동결제도 폐업 전에 정리해 두셔야 하고요. 커넥트 세무회계에서는 폐업 전 체크리스트로 이 부분을 함께 확인해 드립니다.

📎 이 글의 근거 법령

• 폐업하는 경우 부가가치세 과세기간은 과세기간 개시일부터 폐업일까지입니다 → 부가가치세법 제5조 제3항

• 폐업하는 경우 확정신고와 납부 기한은 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일입니다 → 부가가치세법 제49조 제1항, 간이과세자는 제67조 제1항

• 사업자등록을 한 사업자가 폐업하면 관할 세무서장에게 폐업을 신고해야 하며, 세무서장은 사업자등록을 말소합니다 → 부가가치세법 제8조

• 사업자가 폐업할 때 남아 있는 자기생산·취득재화는 자기에게 공급하는 것으로 봅니다 → 부가가치세법 제10조 제6항

• 자기생산·취득재화는 매입세액이 공제된 재화 등을 말합니다 → 부가가치세법 제10조 제1항

• 폐업하는 경우의 공급가액은 폐업 시 남아 있는 재화의 시가입니다 → 부가가치세법 제29조 제3항 제3호, 같은 법 시행령 제62조

• 감가상각자산은 건물·구축물이 한 과세기간당 5%(20과세기간 상한), 그 밖의 자산이 25%(4과세기간 상한)를 차감한 금액을 공급가액으로 하며, 경과된 과세기간은 취득일이 속한 과세기간 개시일부터 셉니다 → 부가가치세법 제29조 제11항, 같은 법 시행령 제66조

• 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않습니다 → 부가가치세법 제10조 제9항 제2호

• 종합소득금액이 있는 거주자는 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세를 신고하며, 성실신고확인서 제출자는 6월 30일까지입니다 → 소득세법 제70조, 제70조의2

• 일반적인 무신고가산세는 납부세액의 20%, 납부지연가산세는 미납세액에 1일 10만분의 22를 곱해 계산합니다 → 국세기본법 제47조의2, 제47조의4

• 법정신고기한이 지난 뒤에도 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있으며, 신고 시점에 따라 가산세가 감면됩니다 → 국세기본법 제45조의3, 제48조

※ 이 글은 2026년 9월 기준 세법과 상담 사례를 바탕으로 작성했습니다. 제도가 바뀌면 결과가 달라질 수 있습니다.

P.S. 폐업은 날짜를 적기 전에 한 번 확인하시는 편이 좋습니다.

임지원 대표 세무사

커넥트 세무회계 / 다양한 업종의 세무·회계 자문을 진행하고 있습니다. 법인전환·양도상속증여·법인컨설팅 영역에서 고객님들의 의사결정을 돕습니다.

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