재개발 대체주택은 일시적 2주택과 같은 규정이 아닙니다

안녕하세요. 커넥트 세무회계 서의석 세무사입니다.

18년 전에 산 집이 아직도 완공되지 않았습니다. 재개발이 진행되는 동안 거주하려고 취득한 주택을 세법에서는 대체주택이라고 하는데, 대체주택은 언제까지 양도해야 하는지를 세는 기준일이 일시적 2주택과 다릅니다.

재개발 사업시행인가가 난 지 16년째입니다. 요건을 모두 갖추면 대체주택을 양도할 때 양도소득세가 비과세되는데, 세어야 하는 날짜가 하나가 아니라 네 개입니다.

양도차익 약 6억에 세액이 0원으로 끝난 사례를 따라가면서 그 네 개의 날짜를 정리했습니다. 세금이 0원으로 끝난 뒤에도 남아 있는 요건이 하나 있다는 점까지 함께 보겠습니다.

실제 검토 사례를 바탕으로 하되, 개인 식별을 막기 위해 시점과 세부는 조정했습니다.

재개발이 시작됐고, 거주할 주택을 하나 취득했습니다

주택을 취득한 것은 2008년입니다. 2010년 12월에 해당 주택에 재개발 사업시행인가가 났고, 살던 곳에서 나와야 하는 시점이 온 것입니다.

16년 동안 세 번 이사하셨습니다. 그중 본인 소유 주택의 거주기간은 8년 반이었습니다.

전세를 구하려 했으나 마땅한 곳이 없어, 세대 밖 가족이 소유한 주택으로 들어가 7년 넘게 지내셨습니다. 그러다 2017년 12월에 다른 주택을 하나 취득해 전입하셨습니다. 2017년에 취득한 주택이 세법에서 말하는 대체주택입니다.

이 글을 쓰는 2026년 9월 현재, 2008년에 취득한 주택은 아직 공사 중입니다. 사업시행인가와 관리처분인가가 모두 끝나고 착공에 들어간 단계입니다.

일시적 2주택과 무엇이 다른가요?

두 제도는 적용되는 조문 자체가 다릅니다.

가장 큰 차이는 기산점입니다. 일시적 2주택은 새로 취득한 주택을 기준으로 날짜를 세지만, 대체주택은 재개발 사업의 진행 단계를 기준으로 셉니다. 그래서 동일한 2주택이어도 언제까지 양도해야 하는지가 달라집니다.

여기까지가 두 제도의 차이이고, 실제 문제는 파는 시점에 생겼습니다.

양도는 정했는데 거주할 곳이 없었습니다

2026년 3월에 대체주택 양도계약을 체결하셨습니다. 같은 달에 임시거처 전세계약도 함께 진행하셨습니다.

새 아파트가 아직 지어지지 않았기 때문입니다. 대체주택을 양도하면 들어갈 곳이 임시로 얻은 전셋집밖에 없는 상황이었습니다.

이 때 의문점이 발생합니다. 재개발 기간에 거주하려고 취득한 주택인데, 대체주택을 양도한 뒤 다른 주택에 거주하면 특례가 유지되는지가 조문만으로는 분명하지 않습니다.

잔금일은 6월 30일로 정해져 있었고, 양도차익은 6억에 가까웠습니다. (금액은 개인 식별을 막기 위해 반올림했습니다.) 계약서에 도장을 찍은 후에는 조정할 수 있는 부분이 줄어듭니다.

조문만으로 답이 나오지 않는 상황이라, 다음으로 확인할 것은 국세청의 판단이었습니다.

잔금 12일 전에 도착한 국세청 회신

대체주택을 양도한 뒤의 거주 문제에 대해, 고객께서 국세청에 사전답변을 신청해 회신을 받아 오셨습니다.

회신 내용은 이렇습니다. 대체주택에서 1년 이상 거주한 뒤 신축주택이 완성되기 전에 양도하는 경우, 대체주택 외의 주택에 거주한 사실이 있더라도 특례가 적용됩니다.

회신일은 6월 18일이었습니다. 잔금일보다 12일 앞선 날짜입니다.

되돌릴 수 없는 거래가 완결되기 전에 회신을 확보한 순서였다는 점에서, 가장 중요한 판단은 여기서 이미 내려진 것으로 판단됩니다.

다만 회신을 받았다고 해서 검토가 끝나지는 않았습니다.

국세청 회신이 있다고 검토가 끝나지는 않았습니다

사전답변은 그 신청인의 사실관계에 대해서만 효력이 있습니다. 전제가 어긋나면 회신 내용도 그대로 적용되지 않습니다.

그래서 저희는 회신을 그대로 옮겨 적지 않고, 네 가지를 따로 대조했습니다.

그 중 네 번째가 결정적입니다. 대체주택 특례는 대체주택을 취득한 날 기준으로 1주택인 세대에만 적용됩니다. 양도하는 지금이 아니라 9년 전 상태를 다시 확인해야 한다는 뜻입니다.

국세청 회신만 있으면 안심해도 될까요?

안심할 수 있는 상황이 아니었습니다. 검토안 중 요건 하나가 확인되지 않았기 때문입니다.

2010년부터 거주하던 주택이 따로 있었는데, 거주하던 주택의 소유자가 누구인지에 따라 특례 적용 여부가 완전히 달라집니다. 세대원이 소유한 주택이었다면 대체주택 취득일 현재 2주택이 되어 특례가 적용되지 않습니다.

확인 과정에서 고객 답변이 한 차례 엇갈렸습니다. 그래서 진술을 그대로 근거로 삼지 않고, 세대원 전원의 재산세 부과내역을 세 시점(대체주택 취득일, 중간 시점, 양도일)으로 모두 조회해 대조했습니다.

확인 결과 세대 밖 가족의 소유였고, 세대가 분리되어 있으므로 주택 수 판정 대상에서 제외되어 요건은 충족되는 것으로 판단됩니다.

확인 과정에서 남는 것은 한 문장입니다. 기억으로는 없었다는 진술은 증명이 아닙니다. 주택 보유 이력은 재산세 부과내역과 주민등록표처럼 제3자가 발급하는 자료로 확인해야 합니다.

네 가지 대조와 세대 판정이 모두 끝나면서 신고 단계로 넘어갈 수 있었습니다.

양도소득세는 0원으로 끝났습니다

2026년 8월에 양도소득세 예정신고를 접수했고, 과세표준과 납부세액은 모두 0원으로 처리되었습니다. 양도차익 약 6억에 대해 세액이 발생하지 않은 것입니다. 세액이 0원이어도 신고는 따로 해야 합니다. 상속세에도 같은 구조가 있어서, 낼 세금이 없는데 신고해 두는 편이 유리한 경우는 상속세가 없어도 신고해야 하는 이유에 정리해 두었습니다.

커넥트 세무회계는 서울시 마포구에 위치한 세무사사무소로, 123개 업종의 세무·회계를 관리하고 있습니다. 담당자에서 팀장, 세무사로 이어지는 다단계 검수 체계를 두고 있어 이번 사례처럼 요건이 비어 있는 지점을 초안 단계에서 잡아낼 수 있었습니다.

우리 사례도 요건에 맞는지 궁금하시다면, 양도·상속·증여 상담에서 날짜부터 함께 확인해 보실 수 있습니다.

여기까지가 한 사람의 사례입니다. 동일한 요건이 내 경우에도 성립하는지는 날짜 네 개로 확인할 수 있습니다.

대체주택의 기준일은 네 개입니다

대체주택 특례는 요건을 모두 갖춘 경우에 그 대체주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하는 제도입니다. 이때 1세대 1주택의 보유기간과 거주기간 제한은 적용되지 않습니다.

세어야 할 날짜는 네 개이고, 기산점이 서로 다릅니다.

네 개 중 앞의 세 개는 양도 시점에 이미 판정이 끝나지만, 마지막 하나는 앞으로 지켜야 하는 요건입니다. 그래서 대체주택을 양도하는 날 비과세가 확정되지 않습니다.

거주 요건은 세대전원을 기준으로 봅니다. 다만 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양처럼 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 함께 거주하지 못한 경우는 예외로 인정됩니다. 같은 세대로 함께 거주했는지에 따라 결과가 갈리는 규정은 상속에도 있습니다. 10년을 모시고도 공제를 받지 못하는 경우는 동거주택 상속공제에 정리해 두었습니다.

대체주택 요건은 어느 날짜부터 세면 되나요?

순서로 보면 확인이 쉽습니다. 사업시행인가가 났고, 사업시행인가일 후에 대체주택을 취득했고, 세대전원이 1년 이상 거주했고, 신축주택이 완성되기 전에 대체주택을 양도했다면 앞의 세 요건은 충족됩니다.

앞서 본 사례에서도 순서가 일치했습니다. 사업시행인가는 2010년 12월, 대체주택 취득은 2017년 12월이었습니다.

반대로 사업시행인가일보다 먼저 취득한 주택은 대체주택에 해당하지 않습니다. 인가일이 언제였는지부터 확인해야 하는 이유입니다.

조합 서류에서 사업시행인가일을 찾기 어려운 경우에는 카카오톡 채널로 세무사에게 직접 문의할 수 있습니다.

날짜를 다 맞춰도 금액에서 갈리는 부분이 있습니다

대체주택 특례는 그 대체주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용하는 구조입니다. 그래서 1세대 1주택에 적용되는 고가주택 규정도 그대로 따라옵니다.

주택과 거기에 딸린 토지를 합한 실제 거래가격이 12억원을 초과하면 고가주택에 해당합니다. 다만 전액이 과세되는 것은 아니고, 양도차익에 12억원을 넘는 비율을 곱한 금액만 과세됩니다. (양도차익 × (양도가액 - 12억원) ÷ 양도가액)

앞서 본 사례는 그 합계액이 약 11억이라 여기에 해당하지 않았습니다. 요건을 모두 갖춘 경우에도 12억원을 넘으면 세액이 발생하므로, 날짜를 확인하신 다음에는 금액도 함께 보셔야 합니다.

대체주택 특례는 양도하는 날 끝나지 않습니다

사례의 양도자는 지금도 전셋집에 거주중입니다. 18년을 기다린 새 아파트는 아직 공사 중입니다.

신축주택이 완성되면 3년 이내에 세대 전원이 이사해서 1년 이상 계속 거주해야 합니다. 그때까지 비과세는 확정된 것이 아니라 조건부입니다.

요건을 충족하지 못하게 되면, 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 특례를 적용받지 않았을 경우 납부했을 세액을 양도소득세로 신고하고 납부해야 합니다.

즉 대체주택 특례는 대체주택을 파는 날 끝나는 것이 아니라, 신축주택에 이사해서 1년을 채우는 날 끝납니다.

오늘 확인해야 하는 것은 두 날짜의 순서입니다. 조합에서 받은 서류에서 사업시행인가일을 찾고, 등기부에서 대체주택 취득일을 찾아 어느 쪽이 먼저인지 확인해야 합니다. 두 날짜의 순서만 확인해도 특례를 검토할 수 있는 사안인지 아닌지가 갈립니다.

핵심 요약

• What: 재개발 대체주택 비과세는 일시적 2주택과 조문이 다르고, 기산점이 사업시행인가일과 신축주택 완성일입니다.

• Why: 요건 하나만 어긋나도 비과세가 적용되지 않는데, 판정 기준일이 몇 년 전이라 지금 기억만으로는 확인되지 않습니다.

• How: 사업시행인가일과 대체주택 취득일의 순서를 먼저 확인하고, 세대원 전원의 주택 보유 이력을 제3자 발급 자료로 대조합니다.

• 전문가 한마디: 대체주택을 양도하는 날 비과세가 확정되지 않습니다. 신축주택에 이사해서 1년을 채워야 마무리되는 제도입니다.

양도하는 시점에 따라 세액이 갈리는 것은 대체주택만의 이야기가 아닙니다. 증여받은 주택에는 10년이라는 기간이 따로 있어서, 그 계산은 증여받은 집을 언제 팔아야 하는지에 정리해 두었습니다.

계약서에 도장을 찍은 후에는 조정할 수 있는 부분이 줄어듭니다. 대체주택 양도를 앞두고 계신다면 잔금 전에 날짜를 확인해 보시는 것을 제안드립니다.

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상담은 확인해 드리는 자리이지 계약하는 자리가 아닙니다. 이후에 집요하게 연락드리지 않습니다.

자주 묻는 질문

Q1. 대체주택을 양도한 후에 전셋집에 거주해도 특례가 유지되나요?
대체주택에서 1년 이상 거주한 뒤 신축주택이 완성되기 전에 양도하는 경우, 대체주택 외의 주택에 거주한 사실이 있더라도 특례가 적용됩니다. 다만 사전답변은 신청인의 사실관계에 한해 효력이 있으므로, 커넥트 세무회계에서는 개별 사안마다 전제가 성립하는지를 별도로 확인하고 있습니다.

Q2. 대체주택 취득일 현재 2주택이면 어떻게 되나요?
대체주택 특례는 대체주택 취득일 기준으로 1주택인 세대에 적용됩니다. 취득일 현재 2주택 이상인 경우에는 특례가 적용되지 않으므로, 커넥트 세무회계에서는 양도 시점이 아니라 취득 시점의 주택 보유 이력부터 확인합니다.

Q3. 같이 살던 집이 부모님이나 조부모님 소유여도 주택 수에 들어가나요?
세대를 같이 하는지 여부로 판정됩니다. 생계를 같이 하지 않는 세대 밖 가족이 소유한 주택은 주택 수 판정 대상에서 제외되는 것으로 판단됩니다. 다만 세대 판정은 사실관계에 따라 달라질 수 있어, 커넥트 세무회계에서는 주민등록표와 재산세 부과내역을 함께 확인하고 있습니다.

Q4. 신축주택에 1년을 못 채우면 어떻게 되나요?
요건을 충족하지 못하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에, 특례를 적용받지 않았을 경우 납부했을 세액을 양도소득세로 신고하고 납부해야 합니다. 취학이나 근무상의 형편 등으로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우는 예외로 인정되므로, 커넥트 세무회계에서는 해당 사유가 있는지를 미리 확인해 드리고 있습니다.

📎 이 글의 근거 법령 (누르면 2026년 9월 기준 원문이 열립니다)

• 재개발 기간에 취득한 주택을 양도할 때 1세대 1주택으로 보는 특례, 그 요건 세 가지 → 소득세법 시행령 제156조의2 제5항

• 신축주택에 이사해 1년 이상 거주하지 못하게 된 경우의 신고와 납부 → 소득세법 시행령 제156조의2 제13항

• 특례를 적용받으려는 사람이 신고기한 내에 제출해야 하는 특례적용신고서 → 소득세법 시행령 제156조의2 제12항

• 새 주택을 취득해 종전 주택을 양도하는 일시적 2주택 특례(신규주택 취득일부터 3년) → 소득세법 시행령 제155조 제1항

• 1세대 1주택의 범위와 보유·거주기간 요건 → 소득세법 시행령 제154조 제1항

• 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지로 한다는 규정 → 소득세법 시행령 제154조 제6항

• 주택과 조합원입주권을 함께 보유하다 그 주택을 양도하면 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않되, 재개발 시행기간 중 거주하려고 취득한 주택은 예외로 둔다는 규정 → 소득세법 제89조 제2항

• 1세대의 범위, 조합원입주권의 정의 → 소득세법 제88조 제6호·제9호

• 주택과 딸린 토지의 실지거래가액 합계액이 12억원을 초과하면 고가주택으로 보아 비과세에서 제외한다는 규정 → 소득세법 제89조 제1항 제3호

• 고가주택의 양도차익 계산(양도차익 × (양도가액 - 12억원) ÷ 양도가액) → 소득세법 시행령 제160조 제1항

• 관련 국세청·기획재정부 해석 (문서번호로 국세법령정보시스템에서 조회하실 수 있습니다) → 사전법규재산2026-443, 사전-2020-법령해석재산-0361, 재산세과-1140, 기획재정부 재산세제과-1270

※ 이 글은 2026년 9월 기준 세법과 상담 사례를 바탕으로 작성했습니다. 제도가 바뀌면 결과가 달라질 수 있습니다.

P.S. 날짜는 미리 확인할수록 선택지가 넓어집니다.

서의석 세무사 | 커넥트 세무회계
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